История об обстоятельствах смерти Р. Рафаэля рассказана и пересказана во многих различных версиях с расхождениями в деталях. В нижеизложенной версии принципы честности Р. Рафаэля заставляют его сделать выбор между жизнью и смертью:
«Однажды, в одном из городов Украины, один еврей был обвинён в совершении преступления, грозящего ему смертной казнью. Судьи, которые слушали это дело, рассмотрели все улики «за» и «против», но, несмотря на тщательное расследование, не смогли вынести приговор. Они решили, что если два всем известных цадика (святые люди), живущих в данной местности, смогут засвидетельствовать под клятвой, что еврей невиновен, судьи смогут освободить его от наказания.
Два святых еврея, приглашённые свидетельствовать в суде, были: Р.Моше (Цви бен Шимон (1775-1838)) из Саврани и Р. Рафаэль из Бершади. Они оказались перед ужасной дилеммой: лжесвидетельствовать под клятвой запрещено еврейским законом и является большим грехом, с другой стороны, спасение жизни превыше любой другой мицвы в Торе. Разве не сказано: «Тот, кто спасает жизнь — спасает целый мир».