История об обстоятельствах смерти Р. Рафаэля рассказана и пересказана во многих различных версиях с расхождениями в деталях. В нижеизложенной версии принципы честности Р. Рафаэля заставляют его сделать выбор между жизнью и смертью:
«Однажды, в одном из городов Украины, один еврей был обвинён в совершении преступления, грозящего ему смертной казнью. Судьи, которые слушали это дело, рассмотрели все улики «за» и «против», но, несмотря на тщательное расследование, не смогли вынести приговор. Они решили, что если два всем известных цадика (святые люди), живущих в данной местности, смогут засвидетельствовать под клятвой, что еврей невиновен, судьи смогут освободить его от наказания.
Два святых еврея, приглашённые свидетельствовать в суде, были: Р.Моше (Цви бен Шимон (1775-1838)) из Саврани и Р. Рафаэль из Бершади. Они оказались перед ужасной дилеммой: лжесвидетельствовать под клятвой запрещено еврейским законом и является большим грехом, с другой стороны, спасение жизни превыше любой другой мицвы в Торе. Разве не сказано: «Тот, кто спасает жизнь — спасает целый мир».
Р.Моше из Саврани думал долго и тяжело над этим вопросом. И, в конце концов, пришёл к выводу, что спасение жизни человека и будущее его жены и детей стоит превыше основного принципа правдивого свидетельствования. И даже, если он ошибся в своём решении, то согласен понести любое наказание, ожидающее его в грядущем мире, лишь бы еврей избежал смерти. Для Р. Рафаэля решение было не просто сложным, оно было крайне мучительным. Р. Рафаэль был верным учеником Р. Пинхаса из Корца, который утверждал, что правда является абсолютной основой Б-жественного Служения. Р. Рафаэль посвятил свою жизнь этому принципу и никогда не позволял даже малейшего намёка на ложь в своих мыслях и поведении, даже в вопросе окрашивания одежды, так как краситель искажает истинный цвет материала. Его другой характерной чертой была необъятная любовь к евреям, его готовность пожертвовать всем имуществом или удобствами для того, чтобы они были защищены от любых страданий. Как мог он разрешить этот ужасный конфликт? Р. Рафаэль погрузился в водоворот болезненных и мучительных размышлений. С одной стороны, была возможность спасения человека, его жены и детей. Жена и семья обвиняемого не давали ему покоя. Но, с другой стороны, он не мог заставить себя совершить проступок, от которого он оберегал себя всю свою жизнь, то, с чем он духовно боролся. Основой всей его философии было то, что ложь является источником нечистоты в мире, а правда—начало всего святого. И сейчас, на этом отрезке его жизни, отречься от всего того, во что он верил? Картина человека, его жены и детей во власти жестокого правосудия стояла перед его глазами, в то время как вера в верховенство правды поглощала его мысли подобно яркому пламени.
В конце концов, он не мог больше этого вынести. Р. Рафаэль разразился жалостным плачем, исходящим из глубины его души, который невозможно было остановить. «Господин вселенной, ты один знаешь, как я боролся всем своим существом за правду. Ты знаешь, я был готов принести любую жертву, и сейчас, в старости, Ты так жестоко испытываешь меня. Я прошу Тебя, забери мою душу и не дай мне возможности совершить ошибку. Он плакал и плакал, пока его душа не ушла из тела.
На следующий день, ранним утром, его хасиды примчались к дому, чтобы принести ему волнующую новость о том, что обвиняемый человек признал свою вину. Два цадика были освобождены от свидетельствования перед судом. Но, когда они вошли в комнату Р. Рафаэля, они увидели, что цадик покинул этот мир».
